Glossaire
Agitation thermique : Dans la matière, quel que soit son état, les atomes et molécules ne sont jamais immobiles mais en perpétuelle agitation. Ce mouvement continuel est corrélé à la température : il est de moins en moins important lorsque la température diminue (il cesse totalement au zéro absolu) et inversement. Bien que soumis aux lois déterministes de Newton, ce mouvement des atomes ou molécules ne peut être prédit que de manière probabiliste, comme c'est le cas du mouvement d'une pièce de monnaie dans le jeu de pile ou face. La diffusion des molécules se fait par ce mouvement brownien aléatoire qui, en l'absence de contraintes, tend à homogénéiser leurs concentrations (voir Interaction moléculaire).
Allèle : Les organismes possèdent souvent plusieurs versions d'un même gène. Chaque version est un allèle. C'est notamment le cas des organismes diploïdes, chez lesquels il existe deux versions d'un même gène portées chacune par chaque chromosome homologue (voir Diploïde).
Anticorps : Voir Immunologie.
Antigène : Voir Immunologie.	,        •;•<•/
Aristotélisme (les quatre causes) : Selon Aristote, il existe quatre types de causes dans la nature. La cause matérielle apporte la matière participant aux phénomènes ou à l'ontogenèse des objets. Cette matière est informe par elle-même, incapable de créer quoi que ce soit d'ordonné. Il faut donc lui adjoindre la cause formelle, qui apporte une forme correspondant à l'essence du phénomène ou de la chose. Mais ces deux causes sont insuffisantes car il manque le mouvement. La cause efficiente correspond à la cause motrice immédiate qui provoque les phénomènes. La cause finale est la cause profonde de tout processus, dont la finalité est la réalisation de l'essence ou forme des choses.
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L'origine des individus
Biologie postgénomique : On désigne par ce terme le programme de recherche qui se développe depuis le séquençage du génome humain. Il n'est pas rigoureusement défini. Un de ses aspects consiste à élargir les programmes de recueil de données à grande échelle sur les protéines (protéome) et les ARN (transcriptome) présents dans les cellules et à élaborer des outils informatiques permettant leur analyse. Cette modélisation implique de plus en plus souvent la participation de mathématiciens et de physiciens.
Blastocèle : Voir Blastula.
Blastula : Stade précoce du développement des embryons caractérisé par l'apparition d'une cavité appelée le blastocèle.
Cause finale : Voir Aristotélisme, Essentialisme.
Cause formelle : Voir Aristotélisme, Essentialisme.
Cellules cultivées : Voir Culture de cellules.
Cellule différenciée : Voir Différenciation cellulaire.
Cellules hématopoïétiques : Cellules sanguines.
Cellule neuronale : Voir Neurone.
Cellules souches : Cellules non différenciées présentes chez l'embryon ou chez l'organisme adulte, pouvant soit s'autorenouveler par multiplication, soit se différencier.
Chromatine : Ensemble formé par les molécules d'ADN et les protéines avec lesquelles elles interagissent (dont les histones des nucléosomes ; voir Nucléosome).
Chromosome : Forme compactée de la chromatine au moment de la division des cellules (voir Chromatine).
Circuits (réseaux) de neurones : Voir Neurone.        *'   -
Compétition : Voir Interaction moléculaire.
Crête neurale : Région (dorsale du tube neural) des embryons de vertébrés. Ses cellules migrent dans l'embryon et donnent naissance à plusieurs lignées cellulaires, dont les cellules du système nerveux.
Culture de cellules : Technique consistant à cultiver les cellules artificiellement grâce à l'ajout d'un milieu nutritif dans des conditions contrôlées en boîtes stériles.
Cytokines : Protéines aux fonctions diverses sécrétées par les cellules du système immunitaire. ; ••'!.:v»'jr" .; •!•; - :.:..•••• . : >
Dendrite : Voir Neurone.
Différenciation cellulaire : Chez les vivants multicellulaires, il existe différents types de cellules dont la structure et les fonctions sont différentes (muscle, os, sang, peau, etc.). Ces cellules différenciées apparaissent au cours du développement de l'embryon par spé-
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Glossaire
cialisation progressive à partir de l'œuf initial qui se multiplie. Dans
le contexte de la biologie moléculaire, on considère que ces différen
ciations dépendent de l'activité de gènes différents dans chaque type
cellulaire, correspondant à l'expression de protéines différentes.
Toutes les cellules ont le même génome mais n'expriment pas les
mêmes gènes.	
Diffusion : Voir Agitation thermique.
Diploïde : Les organismes diploïdes possèdent deux lots de chromosomes homologues provenant chacun de l'un des deux parents.
Essentialisme : Philosophie qui donne la primauté aux essences. Généralement, ces essences sont les formes aristotéliciennes. Il y aurait donc un ordre et une finalité immanents au monde parce que chaque chose est déterminée par son essence sous-jacente, qu'elle cherche à réaliser. L'essentialisme et le réalisme de l'espèce sont liés puisqu'une espèce est un ensemble de choses possédant la même essence.
Eucaryote : Organisme dont la ou les cellules contiennent de nombreux organites délimités par des membranes, notamment le noyau, qui contient F ADN associé aux protéines dans la chromatine (voir Chromatine).
Ex vivo : Expérimentation sur un système vivant en dehors du contexte normal, par exemple des cellules isolées de l'organisme et cultivées de manière autonome (voir Culture de cellules).
Facteurs de croissance : Petites protéines initialement décrites pour leur propriété d'activation de la prolifération cellulaire. Elles exercent des effets pléiotropiques sur plusieurs processus cellulaires (différenciation, survie, apoptose) dans différentes lignées.
Finalité : Voir Aristotélisme, Essentialisme.
Fluctuation de concentration moléculaire : Voir Interaction
moléculaire.	
Forme : Voir Aristotélisme, Essentialisme.
Gène : Déterminant du caractère héréditaire phénotypique porté par les chromosomes. Initialement, les généticiens reconnaissaient un déterminisme absolu. Aujourd'hui, on admet le plus souvent qu'il est tempéré par les facteurs environnementaux (voir Phénotype).
Génome : Totalité du matériel génétique (ADN) d'une cellule.
Génotype : Ensemble des gènes portés par les chromosomes (voir Gène).
Gradients morphogénétiques : Voir Molécules morphogènes.

L'origine des individus
Immunologie : Discipline qui étudie l'immunité, c'est-à-dire la capacité d'un organisme à résister et à se débarrasser d'un agent qui lui est étranger, par exemple un virus. Il existe deux types d'immunité. L'immunité humorale correspond à la sécrétion d'anticorps par les cellules lymphocytes B. Ces anticorps sont des protéines (immu-noglobulines) qui réagissent avec une partie de l'agent infectieux (l'antigène) en le complexant, en le neutralisant et en l'éliminant. L'immunité cellulaire correspond à l'action des cellules lymphocytes T qui, grâce à leurs récepteurs situés dans leur membrane cellulaire, reconnaissent directement les antigènes et neutralisent les agents infectieux.
Interaction cellulaire : Par leur activité propre, par les molécules qu'elles émettent, par les fonctions qu'elles réalisent, les cellules influencent l'activité de leurs prochaines.
Interaction moléculaire : Une interaction moléculaire correspond à un contact physique entre des molécules pouvant déboucher sur une liaison plus ou moins stable. La liaison peut permettre de construire des complexes de plusieurs molécules (macromoléculaires) qui entrent dans la structure des cellules (les membranes, la chromatine, etc.). Elle peut aussi déclencher les réactions biochimiques (liaison enzyme/substrat) du métabolisme ou provoquer une régulation (liaison entre une protéine régulatrice de la transcription des gènes et une séquence de l'ADN). Il existe des phénomènes de compétition entre molécules. Imaginons des boules rouges, noires et blanches qui se déplacent dans un espace au hasard. Les rencontres entre les boules de différentes couleurs se font aussi au hasard mais leurs fréquences, au niveau de la population entière des boules, dépendent de leurs proportions relatives. Par exemple, plus il y a de boules rouges, plus il y aura d'interactions impliquant des boules rouges. Du fait du caractère aléatoire du mouvement des boules, ces fréquences subissent en permanence des fluctuations aléatoires. Il en va de même des molécules soumises à l'agitation thermique.
In vitro : Expérimentation en dehors d'un système vivant, par exemple une réaction biochimique réalisée dans un tube à essai.
In vivo : Expérimentation réalisée sur l'être vivant.
Kinase : Enzyme de modification post-traductionnelle phosphory-
lant les protéines, c'est-à-dire leur ajoutant du phosphore (voir Syn
thèse des protéines).	
Lymphocyte : Voir Immunologie.
Macroscopique : Qui se voit à l'œil nu. Un phénomène peut être
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"T
k
Glossaire
analysé au niveau macroscopique (à notre échelle d'observation) ou au niveau moléculaire. Par exemple, la pluie qui, à partir des nuages, tombe en gouttes à notre échelle correspond aussi au comportement d'une population de molécules d'eau.
Modifications épigénétiques : Voir Synthèse des protéines.
Modifications post-traductionnelles : Voir Synthèse des protéines.
Molécules morphogènes : Substances chimiques provoquant des différenciations des cellules dans l'embryon. Elles forment souvent des gradients et exercent leurs effets à des concentrations définies.
Morphogènes : Voir Molécules morphogènes.
Mouvement brownien : Voir Agitation thermique.
Multicellulaires : Organismes possédant plusieurs cellules (voir Différenciation cellulaire).
Néodarwinisme : Voir Synthèse évolutive.
Neurone : Les neurones sont les cellules du système nerveux à travers lesquelles circule l'influx nerveux. En général, ils sont de forme allongée. Ils possèdent une extrémité faite de plusieurs ramifications (les dendrites) et une autre extrémité arborescente (la synapse). L'influx nerveux se transmet d'un neurone à l'autre à travers les jonctions qui s'établissent entre synapses et dendrites. Les neurones forment ainsi des circuits où circule l'influx. Du fait de la multiplicité des dendrites, de nombreux circuits différents peuvent se former, conférant une grande plasticité au système nerveux. Cette plasticité lui permet de répondre aux nombreuses situations auxquelles un organisme peut être confronté.
Nominalisme : Dans le débat sur l'espèce, qui n'a jamais cessé, le nominalisme affirme que seuls les individus existent réellement. Le nominaliste ne nie pas la ressemblance de certains individus que l'on classe dans la même espèce, mais selon lui cette ressemblance ne provient pas d'un principe constitutif, d'une essence inhérents aux individus. À l'inverse, pour les réalistes, l'espèce est bien réelle. Elle correspond à une structure partagée par plusieurs individus, résultant d'un principe constitutif commun à ces individus (voir Essentialisme).
Nucléosome : Le nucléosome est l'élément de base de la fibre chromatinienne. Il s'agit d'une « bille » de protéines, appelées his-tones, sur laquelle s'enroule l'ADN. La fibre chromatinienne est faite d'une enfilade de nucléosomes, analogue à un collier de perles dans lequel chaque perle serait un nucléosome (voir Chromatine).
Ontologie : On appelle ontologie le domaine qui s'occupe des prin-
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L'origine des individus
cipes premiers indémontrables. Dans les discussions qui ont trait à l'ontologie, on est souvent amené à dire qu'une entité n'est pas réelle, par exemple l'espèce ou l'organisme individuel. Cela signifie qu'il ne s'agit pas d'un principe premier constitutif du réel. Par exemple, pour un nominaliste, l'espèce n'est pas réelle dans la mesure où elle dépend d'une classification subjective opérée par le classificateur.
Ontologie hylémorphique : Ontologie d'après laquelle les choses résultent de deux principes premiers, la matière et la forme (voir Aris-totélisme, Essentialisme).
Phénotype : Ensemble des caractéristiques qualitatives (par exemple, la couleur des yeux) ou quantitatives (par exemple, la taille) d'un individu, résultant de l'expression de ses gènes.
Phosphatase : Enzyme de modification post-traductionnelle déphosphorylant les protéines, c'est-à-dire leur retirant du phosphate (voir Synthèse des protéines).
Procaryote : Cellule simple sans noyau délimité par une membrane. Ce sont par exemple des bactéries.
Promoteur : Séquence d'ADN située en amont des gènes où se fixe l'enzyme qui permet leur transcription (voir Synthèse des protéines).
Protéine régulatrice : Dans la chromatine, protéine qui active ou inhibe la transcription des gènes (voir Chromatine, Interaction moléculaire).
Protéome : Ensemble des protéines (et de leurs interactions) d'une cellule.
Réel : Voir Ontologie.
Région régulatrice : voir Séquence de régulation, Promoteur.
Sélection naturelle : L'évolution était reconnue par de nombreux naturalistes dès le xvnf siècle. Darwin en a donné une explication qui sert de cadre général aux théories modernes de l'évolution. Les organismes sont soumis à de très nombreuses variations. Les individus qui portent des variations avantageuses (accès à la nourriture, succès dans la reproduction sexuée, etc.) se multiplient plus que les autres et deviennent après plusieurs générations le type dominant. De cette manière, les populations d'individus constituant les espèces changent de caractéristiques et évoluent par accumulation de variations (voir Synthèse évolutive).
Séquence de régulation : Séquence d'ADN située en amont des gènes où se fixent les facteurs de régulation qui activent ou inhibent la transcription des gènes (voir Synthèse des protéines).
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Glossaire
Simulation numérique : Voir Simulation par ordinateur.
Simulation par ordinateur : Simulation d'un phénomène par ordinateur grâce à un programme qui le reproduit (en partie) à partir d'un modèle en utilisant des méthodes mathématiques (cas spécifique des simulations numériques) et/ou informatiques (cas des simulations informatiques). On peut alors étudier le modèle en en faisant varier les paramètres à loisir. Le modèle peut être en lui-même une représentation théorique ou la représentation d'un mécanisme. Il peut aussi avoir pour fonction de répliquer seulement l'évolution observable d'un système, sans souci de répliquer un mécanisme ni un principe théorique.
Spécificité : Est spécifique ce qui appartient en propre à une série d'êtres qui constituent, de ce fait, une espèce. Cependant, le mot spécificité est l'un des plus utilisés dans la littérature biologique, dans des sens variés qui ne sont pas toujours précisés. Lorsque nous parlons de la spécificité moléculaire, nous nous référons au sens originel de la stéréospécificité définie par les biologistes moléculaires. La stéréos-pécificité (étymologiquement, la spécificité solide) implique que les molécules ne sont capables que d'interactions univoques, ou en nombre limité, déterminées par leur structure tridimensionnelle. Chaque molécule n'a qu'une seule molécule partenaire - ou en a un nombre très restreint - avec laquelle elle peut interagir, ce qui exclut le hasard des interactions entre molécules.
Stéréospécificité : Voir Spécificité.
Structure tridimensionnelle des protéines : Voir Synthèse des protéines.
Synapse : Voir Neurone.
Synthèse des protéines : La séquence nucléotidique (l'information génétique) de l'ADN est d'abord transcrite en ARN (transcription). Puis cet ARN est lui-même traduit en une chaîne linéaire d'acides aminés (traduction). À son tour, cette chaîne se replie pour former une structure tridimensionnelle. Enfin, cette structure tridimensionnelle subit, en général sous l'action d'enzymes, des modifications dites post-traductionnelles ou épigénétiques, correspondant à des modifications chimiques des acides aminés de la protéine. Selon la théorie en vigueur, les propriétés d'une protéine dépendent de sa structure tridimensionnelle qui, par sa forme et les charges électriques, permet les interactions avec d'autres molécules (voir Interaction moléculaire).
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L'origine des individus
Synthèse évolutive (ou théorie synthétique de l'évolution) :
Théorie dominante de la biologie contemporaine résultant de la synthèse opérée vers le milieu du xxe siècle entre le darwinisme originel et les apports d'autres branches de la biologie, dont la génétique des populations. Dans le cadre de cette théorie, l'évolution se fait par sélection des mutations dans les gènes, notion absente chez Darwin, qui ne connaissait pas la génétique. Cependant, cette théorie synthétique est plus large que ce qu'on appelle le néodarwinisme. Ce dernier correspond à la fusion initiée par August Weismann entre le darwinisme et les travaux des premiers généticiens à la fin du xixe siècle (voir Sélection naturelle).
Téléonomie : Propriété des organismes dotés d'un but qu'ils réalisent grâce au programme génétique. Il s'agit d'une version moderne de la finalité dans le contexte de la biologie moléculaire.
Traduction : Voir Synthèse des protéines.
Transcription : Voir Synthèse des protéines.

Liste des abréviations de titres
CF : Henri Atlan, Entre le cristal et la fumée
DCA : Aristote, De la génération des animaux
DLG : Hippocrate, De la génération
DNE : Hippocrate, De la nature de l'enfant
EE : Conrad Lloyd Morgan, Emergent Evolution
EHSN : August Weismann, Essai sur l'hérédité et la sélection naturelle
FTG : Henri Atlan, La Fin du tout génétique
HE : Jan Christiaan Smuts, Holism and Evolution	
HN : Jacques Monod, Le Hasard et la Nécessité
HU : Stuart Kauffman, At Home in thé Universe
IEME : Claude Bernard, Introduction à l'étude de la médecine expérimentale
LPV : Claude Bernard, Leçons sur les phénomènes de la vie
NA : Ilya Prigogine et Isabelle Stengers, La Nouvelle Alliance
OE : Charles Darwin, L'Origine des espèces
PA : Aristote, Les Parties des animaux
QV: Erwin Schrôdinger, Qu'est-ce que la vie ?
SL : Paul Weiss, The Science ofLife